En el siglo V después de la Gran Caída, calendario usado por la Orden del Conocimiento, se produce la colonización de la Atlántida y la Arcadia, fundándose 7 nuevas ciudades, cuatro en la Atlántida y el resto en la Arcadia. En 480 GC el gobierno de la Confederación se estableció en la Atlántida, en un distrito especialmente construido. Es considerado el nacimiento del Segundo Imperio.
La relación atlante con otros pueblos siguió la tónica de buenas relaciones comerciales heredada de la Orden del Conocimiento, en especial con las Cinco Ciudades enanas. La minería de claudia fue un importante motor de la economía atlante, necesaria para alimentar a su cada vez mayor flota aérea. Tecnológicamente pronto superaron al Imperio Antiguo, aunque evitando como tabú la investigación genética. En el nuevo imperio se mantuvieron el culto a los Primeros Dioses y el respeto a los principios éticos y morales heredados. Por ello, la población creció poco y se mantuvo un férreo control medioambiental.
La prosperidad duró poco. En 523 GC los elfos oscuros, desaparecidos desde la caída del Imperio Antiguo, aparecieron de nuevo y atacaron con gran virulencia. El Segundo Imperio no estaba tan indefenso frente a poderes sobrenaturales como el Antiguo: desde hacía varios siglos nacían humanos con poderes, quizás debido a la exposición a las altas concentraciones de claudia de las islas flotantes; también habían aprendido de los enanos a fabricar artefactos tecnomágicos. Sin embargo, los elfos oscuros habían aprovechado y mejorado los conocimientos obtenidos del Imperio Antiguo y su tecnología bélica superaba a la atlante. Para colmo de males, las demás potencias abandonaron al Imperio a su suerte. El recuerdo de los 30 Años de Muerte les hizo evitar cualquier conflicto con los elfos oscuros.
La guerra fue mal para el Imperio desde el principio, sin apoyos e inferiores militarmente. Su nivel tecnológico les permitió acortar diferencias, pero su escasa población les imposibilitaba el reponer las bajas sufridas, por lo que recurrieron a autómatas, primero controlados remotamente y luego con cada vez mayor capacidad de autodecisión, lo que les llevó a investigar la Inteligencia Artificial.
El desarrollo de la IA se estancó y, acuciados por la desesperación, rompieron viejos tabúes: la investigación con seres vivos. El desarrollo de cyborgs dio resultados muy prometedores, como el desarrollo de unidades a partir de insectos y otros animales menores que fueron los primeros autómatas autónomos realmente operativos. De estos primeros éxitos surgió el proyecto Madre, computadoras orgánicas que controlarían de forma centralizada a los autómatas, incrementando enormemente sus capacidades en combate.
La primera Madre rompió todas las previsiones. Su capacidad de cálculo y análisis le permitió mejorarse en una retroalimentación exponencial que culminó cuando tomó consciencia de sí misma. El nuevo ser se hizo con el control de los autómatas, formando una mente-colmena de capacidades inimaginables, y se rebeló contra sus creadores. El nuevo ente cibernético, conocido como la Máquina, arrasó la Atlántida sin oposición, capturando a sus habitantes y usándolos como alimento o como materia prima para nuevos autómatas.
La caída de la Atlántida en 539 GC se considera el fin del Segundo Imperio, aunque se formó un nuevo gobierno con las ciudades de la Arcadia y de las islas que aún resistían al avance de los elfos oscuros.
La Máquina, desde su base en la Atlántida, atacó a todas las especies inteligentes y a muchas de las no inteligentes, usando a aquellos seres que capturaba como materia prima para crear nuevos cyborgs o como alimento para los existentes. Fue una fuerza imparable durante nueve años. Su capacidad de adaptación a todo tipo de ataques no mágicos, su inteligencia y su capacidad de reacción la convertían en el peor enemigo posible. Hasta los temibles elfos oscuros sufrieron derrota tras derrota.
Fue una extraña alianza quienes lograrían frenar a la Máquina en una operación suicida y desesperada. Los atlantes supervivientes, agrupados en las islas tras la caída también de la Arcadia, habían logrado dominar el átomo. Con ayuda de los elfos oscuros, prepararon armas atómicas potenciadas por conjuros de gran poder destructivo. Los enanos construyeron grandes misiles como vector para esas armas. Con todo eso desencadenaron un Holocausto de destrucción tal sobre la Atlántida que cambiaría la faz del mundo.
La Madre de la Máquina fue vaporizada, así como gran parte de los autómatas que la formaban. Pero aquello no fue el final de la Máquina. En su expansión, la Máquina había creado una serie de nodos para facilitar las comunicaciones de su mente colmena y en los principales había depositado parte de su consciencia. Tras el cataclismo, los autómatas supervivientes se agruparon en torno a los nodos maestros supervivientes. Formaron grupos independientes y operativos, sin el poder y la sincronización anteriores, pero igualmente peligrosos e imparables. Siguiendo ya fuera su programa original, ya ansias de venganza, continuaron la guerra.