En el siglo V después de la Gran Caída, calendario usado por la Orden del Conocimiento, se produce la colonización de la Atlántida y la Arcadia, fundándose 7 nuevas ciudades, cuatro en la Atlántida y el resto en la Arcadia. En 480 GC el gobierno de la Confederación se estableció en la Atlántida, en un distrito especialmente construido. Es considerado el nacimiento del Segundo Imperio.
La relación atlante con otros pueblos siguió la tónica de buenas relaciones comerciales heredada de la Orden del Conocimiento, en especial con las Cinco Ciudades enanas. La minería de claudia fue un importante motor de la economía atlante, necesaria para alimentar a su cada vez mayor flota aérea. Tecnológicamente pronto superaron al Imperio Antiguo, aunque evitando como tabú la investigación genética. En el nuevo imperio se mantuvieron el culto a los Primeros Dioses y el respeto a los principios éticos y morales heredados. Por ello, la población creció poco y se mantuvo un férreo control medioambiental.
La prosperidad duró poco. En 523 GC los elfos oscuros, desaparecidos desde la caída del Imperio Antiguo, aparecieron de nuevo y atacaron con gran virulencia. El Segundo Imperio no estaba tan indefenso frente a poderes sobrenaturales como el Antiguo: desde hacía varios siglos nacían humanos con poderes, quizás debido a la exposición a las altas concentraciones de claudia de las islas flotantes; también habían aprendido de los enanos a fabricar artefactos tecnomágicos. Sin embargo, los elfos oscuros habían aprovechado y mejorado los conocimientos obtenidos del Imperio Antiguo y su tecnología bélica superaba a la atlante. Para colmo de males, las demás potencias abandonaron al Imperio a su suerte. El recuerdo de los 30 Años de Muerte les hizo evitar cualquier conflicto con los elfos oscuros.