El Acuerdo de Egipto estuvo a punto de desaparecer con la invasión de los hicsos. Los invasores trajeron sus costumbres y sus sociedades secretas. En sus reinos no había cabida al Pacto. Hubo nephilim que vieron esto como una oportunidad de librarse de las cadenas del Pacto o incluso de forjar nuevos pactos, más beneficiosos. Sin embargo, las sociedades secretas egipcias, reducida su influencia al reino de Tebas, y los nephilim acostumbrados a la estabilidad que había proporcionado el Pacto se levantaron en armas contra el invasor. Seqenenra, un gran estratega y político, fue elegido faraón. Dirigió la resistencia contra el invasor y la reconquista de la tierra del Nilo, forjando un gran imperio. Gozó de un largo reinado, bajo los nombres y simulacros de Taa II, Kamose y Ahmose, hasta que los sacerdotes de Amón, temerosos de que pudiera romper el Pacto en su beneficio, le obligaron a dejar el trono y aceptar la estasis de piedra (Seqenenra fue luego el primer y hasta la fecha único máximo dirigente del arcano mayor del Emperador, secundado por dos amigos y consejeros Uzbia y Endymythalion, pero no adelantemos acontecimientos). Su sucesor, Amenofis I, aprendió bien la lección y se plegó desde el principio a los designios de Amón, así como los siguientes. Amenofis III parece ser que intentó mejorar las condiciones de los nephilim en el Pacto. Los sacerdotes de Amón no lo permitieron y, a pesar de que su fructífero reinado parecía garantizar que se extendería al menos por otro simulacro, le ordenador designar sucesor y retirarse a la estasis. Quizá como venganza ante esta orden es por lo que nombró como sucesor a un desconocido nephilim que adoptó el nombre del hijo que el faraón le ofreció como simulacro: Amenofis. Con todo, sólo son elucubraciones sin pruebas. El nombre del nephilim que subió al trono con el nombre de Amenofis IV nos es desconocido y no hay ninguna referencia a quién fue o qué hizo antes de entonces. Quizá éste fue el objetivo de Amenofis III, poner a alguien ajeno a la corte y desconocido por las sociedades secretas en el poder, sin ataduras ni rehenes posibles, como el reformador ideal.
Y puede que así hubiera sido si Amenofis IV hubiera tenido talento para la política. Desde el comienzo de su reinado emprendió una serie de profundas reformas destinadas a disminuir el poder de los sacerdotes de los distintos cultos y de las sociedades secretas tras éstas en favor de los funcionarios civiles, más difíciles de controlar por los Misterios (o más fáciles de controlar por los nephilim, según se mire). Disfrazó estos cambios de reforma religiosa, adoptando como dios principal a Atón, el disco solar y tomando él mismo el nombre de Akhenatón, el elegido de Atón. Sin embargo, terminó creyéndose lo que él mismo contaba sobre Atón y sus mensajes de paz y concordia, lo que le llevó a reducir enormemente el número de efectivos del ejército e, incluso, a desmantelar las redes de espionaje y control que mantenía la corte nephilim.
Pese a las reformas, el nuevo culto no caló entre los humanos y los propios nephilim empezaron a mirar con desconfianza al faraón y al debilitamiento que estaba provocando de Egipto. Tras unos conatos de revuelta popular, orquestados por los Misterios de Osiris (el culto a Osiris había corrido la misma suerte que el de Amón y estaban proscritos) y reprimidos sangrientamente, el faraón decidió fundar una nueva capital y retirarse a ella, dejando las tareas mundanas a los funcionarios y a ciertos ministros. En la nueva ciudad de Akhetatón reunió a un gran número de pensadores, sabios, poetas y artistas tanto humanos como nephilim.
Es en esta época cuando se oye hablar por primera vez de Yaltaka (silfo, eolim) y de Pirixis (quimera negra, onirim), dos jóvenes nephilim que habían nacido en Egipto y para los que, como tantos otros, todo su mundo conocido era el Pacto; Atlántida y las Guerras Elementales sólo eran para ellos leyendas antiguas. Fueron captados como agentes por Ibenheb (elfo, fäerim), el Mayordomo de Palacio, que intentaba recomponer las redes que Akhenatón le había deshecho. El Mayordomo de Palacio era el jefe de la Inteligencia nephilim de la época, por así decirlo. Ibenheb libraba una guerra sorda contra las sociedades secretas y en defensa del Pacto. Su simulacro actual ya era anciano en tiempos de Seqenenra y ahora era ninguneado por Akhenatón. Sin embargo, no cesaba en su defensa del Pacto, ya tuviera que enfrentarse contra humanos o nephilim. Ibenheb reclutaba a nephilim desconocidos por Amón, los Misterios, la Rosa-Cruz y la propia corte nephilim, temiéndose lo peor.
Y lo peor, llegó. Amón intentaba quitarse de en medio a Akhenatón, sustituyéndolo por un nephilim más dócil. Esto era una transgresión del Pacto, pues sólo el faraón podía nombrar a su sucesor. Facciones nephilim veían inaceptables los riesgos que corrían y también confabulaban contra el faraón. Es entonces cuando Akhenatón lanzó un órdago a grandes proscribiendo todas las religiones menos el culto a Atón. Sus seguidores se lanzaron alegremente a destruir templos y estatuas, causando la indignación a todos los cultos y al pueblo mismo. Se cuenta que ese día, mientras todos en Akhetatón bailaban y cantaban y partían a difundir la palabra del faraón, pico en mano, un grupo se reunía taciturno alrededor de Ibenheb, que lloraba en silencio: el Pacto estaba condenado.
Efectivamente, ya no había vuelta atrás. Las sociedades secretas humanas y los altos círculos sacerdotales no podían permitir que un faraón les pusiera contra las cuerdas nunca más, y los nephilim no podían aceptar las nuevas condiciones que quisieran imponer los sacerdotes.
La revuelta estalló en la tierra del Nilo. La gente, azuzada por los sacerdotes, se echó a las calles, negando al faraón. Los Misterios buscaban a los nephilim para capturarlos, ignorando el Pacto. En la Corte de Tebas, los humanos se hicieron con el control y los nephilim tuvieron que huir o fueron capturados. Mientras, Akhenatón reunió a los suyos y les contó la verdad.
Les contó que el Pacto estaba muerto, que siempre había sido una cárcel y que los nephilim estaban muertos en vida desde que cayó la Atlántida, sin un objetivo que los uniera. Y él les dio ese objetivo: la búsqueda del Agartha, el camino a la iluminación. Todos sus conocimientos, todo lo que se descubrió en Akhetatón en esos diez años de estudios y de creatividad sin límites, lo codificó en 22 tablillas, 22 objetos antiguos de gran poder sobre los que grabó sus enseñanzas. Y esas 22 tablillas se las dio a sus discípulos para que se las entregasen a los 22 faraones y grandes nephilim que podrían descifrarlas y seguir con ellos el nuevo camino, sin las cadenas del Pacto.
Y sus seguidores se pusieron en marcha y fueron a las necrópolis a liberar a los grandes farones (excepto el Innombrable, que llevó la piedra negra de los selenim a Lilith en Babilonia). Akhenatón permaneció en Akhetatón, para atraer a los humanos y dar tiempo a los suyos. Lo consiguió en parte, y humanos y nephilim libraron una gran batalla, o, mejor dicho, una gran masacre, en las tumbas, en lo que fue conocido como la Retirada del Valle de los Muertos.
Akhenatón desapareció en Akhetatón. Aún hoy no sabemos si fue capturado, disociado o logró escapar. Nunca más fue visto.